進入二十一世紀以后，原來集中式處理辦法正被分流式污水處理新辦法所代替。

在上世紀九十年代以前，德國農村污水采取的是工業化集中式處理辦法，即將污水通過排水管道輸送到一個污水處理廠集中處理，但這樣做除了成本很高以外，還帶來污水處理之后的大量沉淀物和廢物對環境造成壓力、富含營養物質的元素氮、磷、鉀持續不斷地流入排放水域，造成水域富營養化和水生物、魚類因缺氧而衰亡以及水和營養物質的自然循環過程被人工技術打斷等諸多弊端。進入二十一世紀以后，這種集中式處理辦法正被分流式污水處理新辦法所代替。

德國農村分流式污水處理新辦法主要有：

一是分散市鎮基礎設施系統。德國海德堡市郊的諾伊羅特村2005年底率先建成該系統。辦法是在沒有接入排水網的偏遠農村建造先進的膜生物反應器，平時把雨水和污水分開收集，然后通過先進的膜生物反應器凈化污水。這一系統不僅可以降低污水處理成本，還能在凈化污水的過程中獲得氮氣，從而達到使污水變成寶的目的，增強了農村土地肥力。

二是PKA濕地污水處理系統。PKA 濕地由介質層和濕地植物兩大系統組成，利用這兩大系統共同營造的生態系統，綜合物理、化學、生物三種放大功效，使污水處理功效達到最大化。該工藝主要將農村生活污水通過水管道，匯集流入沉淀池，經過沉淀池的4層篩選之后，再經PKA濕地凈化處理，然后達標排放或用于農田灌溉。該系統的運轉不需要化學藥劑，所有的材料都來源于大自然，對周邊環境沒有二次污染。濕地表面干燥，沒有積水，構成景觀綠地，日常運行費用很低，工藝流程簡單，管理方便。

三是多樣性污水分類處理系統。德國呂貝克2000年采用多樣性污水分類處理系統，將污水分為雨水、灰水和黑水。其中灰水指廚房、淋浴和洗衣等家政污水，黑水指經真空式馬桶排放的廁所污水。居住區屋頂和硬質地面上的雨水被雨水管道收集，并匯入附近的地表水或者導入居住區內設置的滲水池。該滲水池屬于小區的綠化設施，經過特殊的造型和環境設計，表面看起來就像景觀設計的一部分，池底使用特殊材料如礫石等，使池中的雨水自然下滲并匯入地下水。在暴雨或降水量豐厚的情況下，還可以把多余的雨水導入相連的蓄水池，使雨水自然蒸發或通過溝渠匯入地表水。通過這種處理方式，雨水可下滲或者直接進入自然界水循環。洗菜、洗碗、淋浴和洗衣等家政污水作為灰水通過重力管道流入居住區內的植物凈水設施進行凈化處理。

日常的生物垃圾通過專門的生物垃圾桶被收集、切碎，并與真空管道系統收集的黑水一起匯入居住區的技術處理中心。兩者的混合物先被高溫凈化處理，之后導入在30-40攝氏度下工作的發酵反應器，經過有氧處理，穩定之后還殘留富含高濃度營養物質的流質物。這些流質物將被保存起來，并被用于居住區的綠化養護或者賣給臨近的農業聯合組織。該組織將其分配給各個成員用于農業生產，并保存在季節性存儲器中。營養物質的再利用不僅使人類居住區產出的富含營養元素廢物以生態可承載的方式進入了自然界的物質循環，而且在一定程度上取代高能耗的化肥生產，為節能做出貢獻。